Geografická poloha
Z hľadiska orografickej klasifikácie podľa Atlasu krajiny SR (2002) sa obec nachádza:
Sústava: Alpsko-himalájska
Podsústava: Karpaty
Provincia: Východné Karpaty
Subprovincia: Vonkajšie Východné Karpaty
Oblasť: Nízke Beskydy
Celok: Beskydské predhorie
Podcelok: Humenské podolie
Geologická stavba
Obec Modra nad Cirochou leží na príkrovovej línii kriedy a paleogénu vonkajších Karpát, kde sa nachádzajú:
- ílovce, pieskovce s glaukonitom, slieňovce (bystrické vrstvy, vychylovské súvrstvie); lutét – priabón
- ílovce, pieskovce s glaukonitom: hrubovrstevný flyš (zlínske súvrstvie nečlenené); lutét – priabón
- pieskovce, ílovce: tenkovrstvený flyš, červené ílovce (belovežské súvrstvie, „pestré“ vrstvy); paleocén – vrchný eocén
Geomorfologické pomery
Územie obce sa nachádza na zlomovo-vrásových štruktúrach flyšových Karpát s prechodnými mierne vyzdvihnutými morfoštruktúrami vrchovín a pahorkatín. Prevládajúcimi typmi rózno-enundačného reliéfu je reliéf rovín a nív, rovnako reliéf kotlinových parhorkatín.
Klimatické pomery
Územie sa nachádza na hranici medzi teplou a mierne teplou oblasťou s priemernou ročnou teplotou vzduchu 8 °C. Priemerný ročný úhrn zrážok je okolo 600 mm, počet dní so snehovou pokrývkou je 60–80 dní a výška snehovej pokrývky je okolo 10,5 cm.
Hydrologické pomery
Územie patrí k povodiu Bodrogu. V území sa nachádza riečisko vodného toku Cirocha s prítokmi Voniarsky a Prievlakový potok. Podľa Atlasu krajiny (2002) je obec podľa typu režimu odtoku v oblasti vrchovinno-nížinnej s dažďovo–snehovým režimom odtoku. Priemerný ročný špecifický odtok je 15 l.s/km².
Pedologické pomery
Na území obce sa vyskytujú pôdy:
- pseudogleje nasýtené z polygenetických hlín, sprievodné čiernice glejové prekryté
- kambizeme modálne kyslé, sprievodné kultizemné a rankre; zo zvetralín kyslých až neutrálnych hornín
- fluvizeme glejové, sprievodné gleje G: z karbonátových a nekarbonátových aluviálnych sedimentov
Flóra
Podľa fytogeograficko-vegetačného členenia (Atlas krajiny 2002) sa obec nachádza na hranici: dubovej zóny flyšovej oblasti Beskydského predhoria, východný podokres bukovej zóny, sopečnej oblasti Vihorlatských vrhov, popriečno-vihorlatský podokres
Prevažnú časť územia tvorí poľnohospodárska pôda, z hľadiska rozptýlenosti stromovej a krovinnej zelene sa jedná o krajinu s dobrým zastúpením stromov a krajinu bez krovín. Brehové porasty rieky Cirochy a jej prítokov tvoria prevažne jaseňovo-brestové dubové lesy (tvrdé lužné lesy). Mimo zastavaného územia obce sa tiež nachádzajú karpatské dubovo-hrabové lesy a podhorské bukové lesy.
Okolie dediny sa môže pýšiť nádhernou a rôznorodou flórou. Z rastlín, ktorým sa tu dobre darí možno spomenúť podbeľ, púpava, zvončeky, rumanček, vlčí mak a myší chvost (rebríček).
V lesoch okrem rastlín sú aj rôzne druhy húb (hríb dubový, hríb smrekový, hríb sosnový, sucho hríb, rôzne druhy kozákov, rýdziky, podpňovky, bedľa vysoká, pečiarka poľná, smrček český, muchotrávka červenkastá, hliva ustricová, trúdnik klobučkovitý,…). Nájdu sa i jedovaté huby: hríb satan, muchotrávka červená, muchotrávka zelená, muchotrávka tigrovaná.
Naše lesy sú bohaté aj na zdravé lesné plodiny, a to: čučoriedky, maliny, černice, šípky a lesné jahody.
Fauna
Riečny systém rieky Cirochy s jej prítokmi sa vyznačuje vysokou biologickou rozmanitosťou. Poskytuje dočasné alebo trvalé životné podmienky rôznym druhom stavovcov a viacerým druhom bezstavovcov. Zo živočíšnych druhov sa na území vyskytujú populácie pôvodných druhov rýb. V území obce sa vyskytujú druhy európskeho významu: lopatka dúhová, hrúz bieloplutvý, hrúz Kesslerov, vydra riečna, netopier obyčajný, podkovár malý a bobor vodný.
Pri prechádzkach okolitými lesmi možno medzi konármi stromov pozorovať ďatľa čierneho, kukučku, jastraba, sovu obyčajnú, myšiaka poľného, krahulca, sojku, sýkorku, havrana, straku, či vranu čiernu. Na poli možno stretnúť škovránky, bažanta poľného, vrabce, lastovičky a bociana bieleho.
Vo vysokých pásmach blízkeho pohoria a lesov sa ešte v pomerne dobrom zastúpení nachádza množstvo zveriny, o ktorú sa v zimnom období starajú poľovníci i miestni občania, ktorým záleží na tom, aby sa život vo svojej plnej kráse zachoval i pre ďalšie generácie. Preto pri potulkách lesnými chodníčkami môžu turisti naraziť na senníky a kŕmidlá pre zver. V zime tu možno spozorovať najmä srny a jelene. Na snehovej prikrývke sa dajú taktiež vyčítať stopy zajaca poľného, králika, kuny lesnej, veveričky, jazveca, líšky a diviaka.
V brlohoch pieskovcového pásma tzv. „Pieskové Tatry“ sa ukrýva jazvec a tchor. V močaristých miestach a na kameňoch je možné zbadať žaby (skokan, rosnička, ropucha a iné), užovku obyčajnú, slepúcha i zákonom chránenú salamandru škvrnitú. Obľúbeným miestom stonožiek, mlokov a pijavíc lekárskych sú studničky. Naopak na slnečných lúčoch sa vyhrieva jedovatá vretenica, prípadne jašterice.
V lete sa nad poľami a okolitými lúkami objavujú motýle, chrústy, osy, sršne, včely, čmeliaky a iný hmyz. Život obyvateľom vedia znepríjemňovať muchy, ovady a kliešte.
Chránené územia prírody
Prírodná pamiatka Voniarsky jarok – vyhlásená v roku 1990. Ochrana objektu predstavujúceho 2 – 5 m hlboké zárezy Voniarského potoka, kde až na povrch vystupuje výbežok uloženín mladotreťohorného mora. Jej ochrana bola zrušená v decembri 2006.