Historických dokumentov, v ktorých sa spomína Modra nad Cirochou nie je veľa. Najstarší písomný doklad o obci pochádza z roku 1416. V ňom sa spomínajú Modrania, ktorí sa zúčastnili na zlapaní a zajatí obyvateľov Zalužíc vo Vihorlatských lesoch. Vznik modranského sídliska možno datovať okolo polovice 14. storočia. Usudzuje sa, že ho založil šoltýs s usadlíkmi podľa zákupného, nemeckého práva. Sídlisko však vzniklo pravdepodobne skôr, čoho dôkazom je opevnenie, ktoré sa nachádza v lese v lokalite známej pod označením „kaštieľ“. Toto opevnenie pochádza ešte z 11. až 12. storočia, preto aj obec má pravdepodobne dlhšiu históriu ako nám to dokumentujú zachované listiny.
Už samotný názov obce „Modra“ nám napovedá ako vzniklo toto pomenovanie. Najskôr ľudia týmto označením nazývali chotárne miesto jedinečné niečím farebne modrým (možno rastúcimi rastlinami). Neskôr vybudované sídlisko dostalo rovnaké pomenovanie „Modra“.
História obce je úzko spätá s históriou neďalekého mesta Humenné. Dedina od samotného založenia patrila ako majetková súčasť pod panstvo v Humennom, ktoré vlastnila šľachtická rodina Drugethovcov. Okolo roku 1635 už patrila jezuitskému kláštoru v Humennom.
Za dominantu obce v minulosti, tak ako aj v súčasnosti je považovaný kostol. Prvý kostol v Modre nad Cirochou bol postavený v roku 1767, a to na náklady veriacich a taktiež za pomoci barónky Terézie Vandernadlhovej. Bol vybudovaný v barokovom slohu a zasvätený svätému Štefanovi, uhorskému kráľovi. Na rozdiel od súčasnosti pôsobili v ňom luteránski kazatelia, čo pravdepodobne súviselo s tým, že dedina bola založená na základe nemeckého práva. V roku 1809 kostol zhorel.
V historických dokumentoch sa ďalej spomínajú Modranské sedliacke domácnosti, ktoré boli v roku 1567 zdanené od 10,75 porty. Deväť želiarskych domácností daň neplatilo. V roku 1582 zdanili sedliakov do ôsmich port. Sídlisko malo v roku 1600 obývaných už dvadsať poddanských domov, ako aj tri domy šoltýsov. V 17. storočí modranské sedliacke domácnosti chudobneli a ubúdalo ich. V roku 1610 zdanili vtedajších sedliakov a želiarov spolu od 1,5 porty, v roku 1635 od 0,75 porty. Na prelome 16. a 17. storočia bola Modra už stredne veľkou dedinou so slovenským obyvateľstvom, ktoré sa zaoberalo poľnohospodárstvom. V prvých desaťročiach 17. storočia tam hospodárili štyri domácnosti šoltýsov, okolo roku 1623 ich počet klesol len na dve. Jedna šoltýska usadlosť bola v roku 1623 opustená, podobne ako tri sedliacke. Žili tam však dve šoltýske domácnosti na čiastočných šoltýstvach i štvrtinových usadlostiach, a deväť želiarskych. Sedliaci mali povinnosti aj k zemepánom, okrem iného lámali kameň a pripravovali bukové dosky. Na prelome 17. a 18. storočia bola Modra malou dedinou. V roku 1715 v nej žilo len deväť, v roku 1720 už dvanásť sedliackych domácností.
V 19. storočí nenastali žiadne výraznejšie zmeny v demografickej, sociálnej, či konfesionálnej štruktúre obyvateľov obce. Zmeny priniesla až prvá polovica 20. storočia, keď v roku 1930 počet obyvateľov dosiahol 670, pričom k československej národnosti sa hlásilo 625 obyvateľov (93,3 %), k židovskej 15 (2,2 %), k inej národnosti bolo uvedených 21 obyvateľov (3,2 %) a 9 cudzincov (1,3 %). K zmene konfesionálnej štruktúry prispela prítomnosť židovského obyvateľstva a gréckokatolíckeho vierovyznania. Z celkového počtu obyvateľov sa k rímskokatolíckemu vierovyznaniu hlásilo až 637 osôb, 17 osôb sa hlásilo ku gréckokatolíckemu a 16 k židovskému vyznaniu. V polovici 30. rokov 20. storočia sa obec rozrástla na 126 domov.